Надеюсь слишком не зажал подшибники дифференциала, они там регулируются шайбами...
Выжимной тоже менял? Такой шум был до переборки коробки? Подробней надо описать, когда и что нажимаешь, когда шум появляется и какой?
Удобный поиск по содержанию (ключевые слова).